Поможет в этом бесплатная утилита Medieval CUE Splitter (PC) - v1.2

Качаем её с адреса  http://www.medieval.it/cuesplitter-pc/menu-id-71.html

И Устанавливаем.

 Есть более новая версия но она не переведена на русский язык. И устанавливается непривычно.

Я пользуюсь версией 1.2. для PC, проблем нет.

Запускаем утилиту, в её окно перетягиваем имеющийся CUE файл. Видим картинку:

Внизу делаем маску файла как на картинке и ставим птичку: -добавить промежутки: 

Затем вызываем настройки конфигурации утилиты:

И приводим в соответствие с картинкой (см. ниже). Нажимаем "Принять"

Далее нажимаем "Разрезать" Соглашаемся (OK) с выбранной папкой:

Видим результат:

А в папке видим все нужные FLAC файлы и новый CUE. (Можно оставить только старый- убрать птичку в конфигурациях-создать CUE по окончанию операции).

Всё!